Параллельно росту популярности аниме за пределами Японии, растёт и число противников этого жанра мультипликации. Наиболее серьёзную критику вызывает чрезмерное, по мнению многих, количество насилия и эротики в аниме,неадекватное поведение людей, увлекающихся просмотром и коллекционированием аниме — отаку, — выливающееся порой в патологические формы (уход от реальности, агрессивность, близкая к наркотической зависимости). В европейских странах и США японская мультипликационная продукция проходит предварительную оценку, с определением возрастной аудитории; иногда, с целью уменьшить возрастную планку, издатель вырезает из произведения слишком откровенные или жестокие кадры.
Многим не нравится аниме на эмоциональном уровне: если зритель считает, что мультфильмы создают только для детской аудитории, он ожидает и соответствующего развития сюжета, и либо испытывает дискомфорт от просмотра аниме, рассчитанного на юношескую или взрослую аудитории, либо, отказываясь от просмотра, создаёт заочное негативное мнение о произведении. Также часто зрителям не нравится графическое решение в аниме — пресловутые «большие глаза», или голоса персонажей, из-за непривычного для европейца звучания слов и выражения эмоций в японском языке.
Большая часть критики, высказываемой в адрес аниме, также справедлива и по отношению к любой ветви современной массовой (особенно визуальной) культуры, одним из представителей которой является и японская анимационная индустрия.